La création du jardin botanique est contemporaine de celle de l'Ecole car les plantes ont un rôle de premier plan dans la thérapeutique vétérinaire. Un jardin des simples est donc installé dans le parc à la française et les élèves apprennent à identifier les plantes médicinales, aident à leur culture, les récoltent, les sèchent, en préparent les extraits afin de composer les drogues. Honoré Fragonard en surveille le bon entretien et dispense les cours de botanique et de "matière médicale", c'est à dire les bases de la pharmacie. En 1771, Le "Jardin d'Hygiène" expose des plantes nutritives, salutaires et nuisibles, une tradition qui se poursuit aujourd'hui, même si sa surface a considérablement décrut.

Sa renommée s’appuie désormais sur une collection de plantes mellifères - servant aux abeilles - toxiques et médicinales de grandes valeurs scientifique et patrimoniale. Autrefois exclusivement dédié à l’enseignement et à la recherche scientifique, il s’ouvre dorénavant vers l’extérieur en assurant une mission d’information sur les plantes et la biodiversité. Le jardin botanique est ouvert au public dans le cadre de visites guidées de groupes et d’activités pédagogiques pour les enfants des écoles.